Az egy intézményt képező levél- és könyvtár hivatalosan az egyházmegye első főpásztora, Bosák Nándor püspök 1995. december 30-án kelt alapító okiratával alakult meg. A gyűjtemény létrehozását abból a célból kezdeményezte, hogy az egyházmegye területén pap nélkül maradt plébániákon (és a hozzájuk tartozó filiákban) megmaradt könyv- és iratanyag állagmegóvását, rendezését és a kutatók számára való hozzáférését biztosítsa.
Már 1995 tavaszán felmérés készült a könyvek és iratok mennyiségéről. A begyűjtendő anyag elhelyezésére 1995 őszén a püspökség debreceni hivatalának egyik helyiségét jelölték ki. A könyvek és iratok vidékről való beszállítása 1995 októbere és 2004 áprilisa között zajlott, de már 1997-ben lehetővé vált, hogy az intézmény kutatókat tudjon fogadni.
A gyűjtemény helyhiány miatt 1999. novembere és 2000. februárja között átköltözött a püspökség épületéből a vele szomszédos katolikus gimnáziumi kollégium földszintjére. A levéltári raktár 2008-ban a Szent József Gimnázium északkeleti szárnyának alagsorában kapott helyet, ahová a következő évben a könyvtár fölöspéldány-tára is követte. Az intézmény 2015. nyarán a Varga u. 17. sz. alatt önálló épületben nyert elhelyezést. Levéltári és duplum raktára viszont 2017-ig a korábbi helyén maradt.
A levéltár nyilvános magánlevéltárként, a könyvtár nem nyilvános szakkönyvtárként működik. Gyűjtőköre a vallástudomány, a teológia, a történelem, és az egyháztörténet válogatott – főleg magyar nyelvű – irodalmát fogja át. A levéltár állománya hagyatékok és ajándékozások révén gyarapszik. A könyvtári állomány ugyanígy, illetve rendszeres vásárlásokkal is. A könyvtári állomány számítógépes katalogizálása 1999-ben vette kezdetét.
Az intézmény 2013 óta önálló honlappal (archiv.dnyem.hu) rendelkezik, melyen hozzáférhető a levéltár fondjegyzéke és a könyvtár katalógusa is. A levél- és könyvtár használata díjmentes, de regisztrációhoz kötött. A könyvtári állomány olvasására, kutatására olvasótermünkben van lehetőség.
2014 nyár elejétől több, mint egy évig intézményünk munkatársai a katolikusok Debrecenben való megtelepedésének 300. évfordulójára készülő jubileumi kiadványán dolgoztak. "A katolikusok Debrecenben 1715-2015" című kötet az intézmény első kiadványa. 2016-ban "A debreceni katolikus újjászületés emlékévkönyve", 2017-ben a "Jost Ferenc, a templomépítő" című könyveket adtuk ki.
Az intézmény fennállásának 20. évfordulója alkalmából tartott ünnepi megemlékezésen részt vett és rövid beszédet mondott Bosák Nándor nyugalmazott püspök és Palánki Ferenc az egyházmegye jelenlegi főpásztora is.
